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Pro请进,F793下高通树的疑问和问题

这两天看到树形更新了,修正了F931下游的树形错误,点个赞。但还是有一些疑问和问题,请解决。一、树形
1、F931下游,Y175382有MF7571和MF7631两个SNP。但是高通树上

这两个SNP即不在F931的等价位点里,也没有与MF7413那个人分出一个下游分支。请确认是哪里问题。
2、MF20839,这个人是传的全序数据,为什么没有单独列出来,而是跟芯片测出来的一样,放在了“MF20839”这个分支里面。

3、F14490下只有一个样本,是否正确?这个分支不在Yfull以及ISOGG上,纯魔方发现的。
二、与之前公布的家族溯源树形对应
1、Y150436下,在家族溯源湘赣聂氏里面,有Y150331的分支,但是高通树里面没有。
2、Y141213下,MF34504分支,在家族溯源河北刘氏里面,公布的是3个并列的人(分支)。但是高通树里面,如下,是2级结构,且只有2个样本,MF31260下只有一个样本。是否这里有问题,MF31260下少了一个,或者这里本来应该是并列3个样本?
三、估龄问题
1、虽然不知道每个样本的私有位点数,但是有几个分支偏差实在太大了。
比如
MF67104,只有4个等价位点,共祖时间就到920年前了。
MF20811,4个SNP,共祖1510年前。
MF20862,5个SNP,1000年前,
MF7426,1个SNP,2150年前
对比正常一点的,MF20759,11个SNP,1240年前。
2、F793估龄贵司觉得应该多少对,高通树上是2450年前。
但是下面这个解释应该就前几天更新的,还是2600年前,

YFull上F793目前有9个分支参与估龄,18个样本。分支数也算够多了,不应该还有太大偏差。这2年YFull估龄一直在2600~2800之间变动。

3 条评论
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王朝阳

嗨,关于你的问题:一、树形1、2 这都是没有处理完的结果,第一个样本因为用户反馈之前强制修改过一次,其实是没有匹配完的状态;3、形成共享的分支最少都是2个样本,只看到一个是因为另外一个还没有显示,你提到的这个支系,F14490,另外一个样本私有突变为0个,所以...

2 评论

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  • Graphenn

    2019-12-05
    Hi, 多谢答复。 关于估龄问题,我知道以下游看更准。但现在没公布数据,而且各支SNP数和估龄偏差实在是太大了。唉,跟你们测序质量也有关系了。

    点赞

  • 纽特

    南下的因纽特

    2019-12-05
    插楼请教一下,一代芯片未测出的下游的老用户,现在是否还停留在上游,未被统计到下游人数中?

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