置顶父系单倍群“父系单倍型类型”更新问题集中反馈贴
<div>各位23魔方的用户以及祖源爱好者大家好,感谢大家一直以来对23魔方祖源工作的持续关注：<br></div><div><br></div><div>23魔方祖源研究、生信、产品及开发团队，经过近半年的紧张工作安排，把之前使用“ISOGG-Y染色体分化树”来生产芯片产品的“父系单倍群”，改成使用自建的Y染色体分化树来生产“父系单倍群”结果。昨晚已经把所有芯片用户的父系单倍群结果按照新树形、新算法重跑了一遍。<br></div><div><br></div><div>事前虽然经过了5轮的修正和核对，尽最大的努力避免算法或位点质量带来的分型错误，但由于芯片用户基数大、设计位点数量多、分化树分支庞杂等原因，难免会有错误的产生。如果用户有发现家庭中的父子或兄弟，芯片单倍群的分析结果不一致（如果父子兄弟类型属于上下游关系，可能是由于芯片版次的问题带来设计位点的差异造成的），尤其是被分到属于平行关系的2个支系中去的；或者是芯片分析的结果与本人“父系祖源深度检测（Y全序）“分析的结果不属于上下游关系，而属于平行关系的，都可以在此贴反馈，以便我们进一步核对修正。<br></div><div><br></div><div>另外需要澄清的几个问题：<br></div><div><br></div><div>1.芯片用户被分到终端类型中，这个终端类型的年龄被表示为共祖60年的，表示芯片位点匹配到这个类型下一个全序用户的私有位点里，实际共祖时间应该在60年到上一个节点共祖时间之间.<br></div><div><br></div><div> 比如，O-Y138481类型，是一个终端类型，他是一个全序用户的私有位点组成的节点，树上显示该节点的共祖时间是60年（所有“父系祖源深度检测（Y全序）“用户的终端都显示共祖60年），他的上游节点是O-MF1074，共祖时间是2370年。由于该用户的私有位点在芯片位点中有覆盖，现在有105个用户被分到了O-Y138481类型，并不表示这里面的106人之间共祖在60年，而是共祖在60年~2370年之间。如果这里面的105个用户，有人做了“父系祖源深度检测（Y全序）“，就会把之前放在私有位点节点里的共享点独立出来，成为一个新的节点。<br></div><div><br></div><div>2.现在分化树上节点的共祖时间，严格意义来讲是“父系祖源深度检测（Y全序）“用户之间的共祖时间。中间节点所匹配到的芯片用户，他们之间的共祖时间严格意义来讲也是在本节点共祖时间和而上一节点共祖时间之间这个范围的。如果这2个节点时间跨度越大，共祖时间的可能性就越多；反之则会比较紧缩于一段时间之内。如果想要严格得出共祖时间，还需要做“父系祖源深度检测（Y全序）“。<br></div><div><br></div><div>3.芯片位点覆盖到某个人的私有位点中，第一种可能是在前2版的芯片设计时候专门设计进去的点（比如ISOGG树上的点、早期全序用户的私有位点、千人组、HGDP\SGDP等公开数据库的点）。 另外一种可能是没有特意去设计，而是之前设计的这些点，正好也是某个新的全序用户的私有位点。即之前设计的某个位点是个平行突变位点，在新的支系中也有这个突变位点。我们发现这类平行突变的位点还是比较多的。甚至见到过一个极端的案例，之前千人组R类型样本下发现的一个位点，在全序树上15个支系都发生了平行突变，而且这个点经评估还是优质好用的点。这种点我们也会对芯片用户进行细分。所以，这种之前设计的点发生平行突变，也是后面做父系深度检测用户可能想不到的惊喜点。<br></div><div><br></div><div>说类型分错的用户希望提供以下类似的证据以便于我们核查修复：具体话术最好如下：<br></div><div><br></div><div><br></div><div>1.我的父系祖源深度检测结果是O-MFxxx，但是芯片结果是O-MFxxx，我们在树上属于平行的关系。<br></div><div><br></div><div>2.我的芯片检测结果是O-MFxxx，但是我父亲（或儿子、兄弟（不包含家谱上的家族同宗）的芯片结果是O-MFxxx。我们在树上属于平行的关系。<br></div><div><br></div><div>凭借之前的分类结果（可能之前是假阳性分错的）给你的印象，认为分错的，这个我们真的无从下手去核对。<br></div>
